Klinik pilates, kişinin postür analizi ve diğer vücut ölçümlerinden sonra amaca yönelik egzersiz programının fizyoterapistlerce uygulanmasıyla yapılan pilates çeşididir.

2. Dünya Savaşı’ndan sonra Joseph Hubertus Pilates tarafından ortopedik, nörolojik, pediatrik hastalar üzerinde uygulanan ve geliştirilen, Rehabilitasyon programının içeriği kişiye özel stabilite, germe, mobilite ve dirençli modifiye egzersizlerin olduğu fonksiyonel ilerleme ve dinamik tedavi yönteminin kombinasyonudur.
Yaşa, çalışmaya, strese vs karşın oluşabilecek omurga rahatsızlıklarının ve buna bağlı ağrıların önüne geçmek, sağlıklı kalabilmek, için yapılması gereken mat-minder-Reformer egzersizlerini kapsamaktadır.
Klinik pilates hekim tarafından egzersize kontraendike bir durum belirtilmediği sürece, bel-boyun fıtığı, skolyoz gibi omurga rahatsızlıklarını, strese bağlı oluşan kas gerginliklerin ve günlük yaşamı etkileyen daha birçok problemin iyileşme sürecini destekler.